A história decorre no Reino Ptolemaico no Antigo Egito e fala de Bayek, um medjai, que trabalha para proteger o seu povo de ameaças, e sua esposa Aya. O enredo serve como início para a série, mostrando as origens da luta entre os Assassinos, que desejam a paz através do livre arbítrio e os Templários, que têm o mesmo objetivo mas através da ordem e dominação. Similar aos antecessores, Origins é jogado numa perspectiva de terceira pessoa e os jogadores podem livremente explorar o Egito.